Los estudiantes regresan cuando la escuela está de vuelta en la sesión para el segundo semestre. Después de sus hazañas en la isla durante las vacaciones de verano, la Clase 3-E continúa afilando sus espadas con sus miras puestas en su maestro, el resbaladizo Koro-sensei.
Sin embargo, tienen más de qué preocuparse que solo su maestro, ya que los asesinos enemigos, tanto los antiguos como los nuevos, buscan la mayor recompensa sobre la cabeza del pulpo.
Además, sus rivales en la Clase A, así como el temible director de Kunugigaoka Junior High, pueden impedir que la Clase E logre la excelencia académica. Con todos estos obstáculos enfrentándose a ellos, el grupo debe continuar trabajando juntos para superar a sus enemigos y lograr su objetivo de asesinar con éxito a su maestro.
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