En el año 2045, después de un desastre económico conocido como el Defecto Global Sincronizado, la rápida evolución de la IA impulsó al mundo a entrar en un estado de "Guerra Sostenible". Sin embargo, el público no es consciente de la amenaza que la IA tiene para la raza humana.
El comandante Motoko Kusanagi, ciborg de cuerpo entero, y su segundo al mando, Batou, son antiguos miembros de la Sección 9 de Seguridad Pública, que ahora son mercenarios contratados que viajan por la devastada costa oeste americana.
Esta tierra está llena de oportunidades para la mayor y su equipo, utilizan sus cerebros cibernéticos mejorados y las habilidades de combate de su tiempo trabajando en la Sección 9. Sin embargo, las cosas se complican con la aparición de los "post humanos", que tienen una inteligencia y poderes físicos extremos. Los miembros de la Sección 9 vuelven a reunirse para enfrentar esta nueva amenaza.
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