En el misterioso futuro, los organismos cristalinos llamados Gemas habitan un mundo que ha sido destruido por seis meteoros. A cada Gema se le asigna un papel para luchar contra los Lunarianos, una especie que los ataca para destrozar sus cuerpos y usarlos como adornos.
La fosfofilita, también conocida como Phos, es una joven y frágil Gema que sueña con ayudar a sus amigos en la guerra. En cambio, se les dice que compilen una enciclopedia debido a su delicada condición.
Después de embarcarse a regañadientes en esta tarea, Phos conoce a Cinabrio, una inteligente gema que ha sido relegada a patrullar la aislada isla por la noche debido al veneno corrosivo que su cuerpo crea. Tras ver lo infeliz que es Cinnabar, Phos decide encontrar un papel que ambas gemas rechazadas puedan disfrutar. Houseki no Kuni sigue los esfuerzos de Phos para ser útil y proteger a sus compañeros Gema.
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