En los albores del siglo XXI, se estableció en Japón el Instituto de Investigación Kurobe de las Naciones Unidas para investigar un antiguo artefacto, que fue descubierto durante la construcción de la presa de Kurobe.
Científicos de todo el mundo se han reunido en las instalaciones para estudiar el objeto, mientras sus hijos disfrutan de su vida cotidiana asistiendo a la Escuela Secundaria Internacional Mt. Tate. Yukina Shirahane, una chica de secundaria reservada, es la hija del científico jefe de la instalación. Mientras visita a su madre en las instalaciones, Yukina se las arregla para resolver parte del rompecabezas del artefacto.
Para su sorpresa, lo que aparece ante ella es Kennosuke Tokisada Ouma, un joven samurái de la era Sengoku. Mientras una amenaza se aproxima desde el espacio exterior, Yukina, junto con Kennosuke, se encuentra defendiendo la Tierra contra las fuerzas invasoras. A lo largo del camino, descubre el misterio detrás de Kennosuke y la razón por la que está decidido a protegerla.
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