Los Zoids son maquinas-bestias usadas normalmente para transporte y especialmente para la guerra
Algunos tipos de Zoids, conocidos como Organoides, son Zoids en miniatura y a su vez son organismos vivos
Esos Organoides tienen la capacidad de fusionarse con los Zoids normales y hacerlos mas poderosos
Van (Ban) Freiheit descubre un Organodie en un laboratorio abandonado mientras huye de dos Zoids
También hay en el laboratorio un tubo con una extraña chica en animación suspendida
Él rompe el tubo y se lleva consigo a ambos, la chica y el Organoide
Cerca de la salida encuentran un Zoids estropeado y sucio, el Organoide se fusiona con el y repara los daños
Mientras escapan Van llama al Organoide Zeke y dedice ser su amigo
La chica, que se llama Fiona, quiere encontrar un lugar llamado Zoids Eve y asi Van, Zeke y Fiona comienzan su aventura.
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