Lucy es una raza especial de humanos conocida como "Diclonius", que nace con un par de cuernos cortos y manos telekinéticas invisibles que la llevan a ser víctima de experimentos científicos inhumanos por parte del gobierno.
Sin embargo, una vez que las circunstancias le ofrecen la oportunidad de escapar, Lucy, corrompida por el confinamiento y la tortura, desata un torrente de derramamiento de sangre mientras escapa de sus captores. Durante su brote, recibe una lesión en la cabeza paralizante que la deja con una personalidad dividida: alguien con la mentalidad de un niño inofensivo que posee una capacidad de habla limitada.
En este estado de inestabilidad, se topa con dos estudiantes universitarios, Kouta y su prima Yuka, quienes sin saberlo tienen a su cuidado a un fugitivo herido, sin darse cuenta de sus tendencias asesinas.
Este acto de bondad cambiará sus vidas, ya que pronto se verán arrastrados hacia el mundo sombrío del secreto gubernamental y la conspiración.
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