Kanenone Gakuen es un internado para hombres ubicado en el campo de Japón. Aunque una escuela exclusivamente masculina no es nada nuevo, la vida puede volverse bastante difícil cuando no hay estudiantes en kilómetros a la redonda.
Con el fin de ayudar a la salud psicológica de todos los involucrados, la junta escolar decidió tratar de fusionarse con el internado de niñas más cercano para ser mixta.
Los chicos de Kanenone están más que entusiasmados con la perspectiva, y las chicas sienten curiosidad por lo interesante que podría ser la vida escolar si hubiera más niños alrededor.
Antes de tomar decisiones serias, las chicas fueron invitadas a quedarse en Kanenone durante un mes como prueba. Green Green sigue a Yuusuke Takazaki y sus traviesos compañeros de cuarto llamados Baka (Idiot) Trio, y su habilidad para hablar con las chicas sin hacer el ridículo.
Pero tan pronto como llega el autobús escolar con las chicas, las cosas se vuelven raras, hormonales e histéricas.
En particular, una niña llamada Midori Chitose salta del autobús e inmediatamente abraza a un muy confundido Yuusuke. ¿Es un hombre de mujeres natural, o los dos tienen una historia compartida de la que no está al tanto?
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