Con los mares bajo la amenaza constante de la hostil "Flota Abisal", se establece una base naval especializada para contrarrestarlos.
Sin embargo, en lugar del armamento naval estándar, la base está armada con "Kanmusu", chicas que albergan los espíritus de los buques de guerra japoneses, que poseen la capacidad de ponerse equipo armado que les permite aprovechar las poderosas almas dentro de sí mismas.
Fubuki, un joven Kanmusu tipo Destructor, se une a la base como un nuevo recluta; desafortunadamente para ella, a pesar de su inexperiencia y naturaleza tímida, es asignada al famoso Tercer Escuadrón de Torpedos y rápidamente se lanza al calor de la batalla.
Cuando es rescatada de una aniquilación cercana, el buque de guerra novato decide volverse tan fuerte como el que la salvó.
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