Después de recibir una invitación para retar al mejor entrenador a una batalla, Ash se encamina con sus amigos Misty, Brock y Pikachu a través de la tormenta hacia la isla donde en lugar de un entrenador lo espera Mewtwo, un pokémon creado genéticamente por el Rocket Team como arma y que ahora intenta vengarse de los humanos que intentaron usarlo.
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