Han pasado dos años desde la incursión del CCG en Anteiku. Aunque la atmósfera en Tokio ha cambiado drásticamente debido al aumento de la influencia del CCG, los ghouls siguen planteando un problema ya que han comenzado a tomar precauciones, especialmente la organización terrorista Aogiri Tree, que reconoce la creciente amenaza del CCG para su existencia.
La creación de un equipo especial, conocido como el Escuadrón Quinx, puede proporcionar al CCG el empuje que necesitan para exterminar a los residentes no deseados de Tokio. Como humanos que han sido sometidos a cirugía para utilizar las habilidades especiales de los ghouls, participan en operaciones para erradicar a las criaturas peligrosas.
El líder de este grupo, Haise Sasaki, es un ghoul medio, un medio humano que ha sido entrenado por el famoso investigador de clase especial, Kishou Arima. Sin embargo, este joven tiene más de lo que se ve a simple vista, ya que los recuerdos desconocidos se agolpan en su mente y le recuerdan lentamente a la persona que solía ser.
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